תוכנית התואר השני ברוקחות משלבת מחקר בסיסי ומעשי, תוך התמקדות בפיתוח תרופות, ננוטכנולוגיה, שחרור תרופות ממוקד וביו-הנדסה. היא כוללת מחקרים בסיסיים על מנגנוני תרופות, פיתוח תרופות חדשות, ומחקר יישומי הקשור לטיפול בחולים ולתעשיית התרופות. הסטודנטים מקבלים השכלה ברמה הגבוהה ביותר, בסיס מדעי חזק והכשרה להשתתף ולהוביל מחקר בתחומים שונים של מדעי התרופה באוניברסיטאות, מכוני מחקר, ובתעשיית התרופות והטכנולוגיה בארץ ובעולם.